可應用的西藥藥物有：
①吡嗪酰胺
②利福平
③鏈黴素
④顛茄
可應用的傳統藥物有：
①三草.散.核.方
每日取1付，將方中的藥粉倒入煎藥袋中，紮緊袋口，放入鍋底，然後將方中的飲片覆蓋其上，倒入適量的清水進行浸泡。煎煮時，先以大火煮沸，再以小火慢煎。最後去渣取汁，將湯汁分3次進行服用。
②附子理中九合四神丸加味
③參芩白術散
手術治療適用於腸結核並發完全性腸梗阻、急性或慢性腸穿孔引起的糞瘺以及腸道大出血的病人。此外，對增生型腸結核病人，有時也可考慮部分手術治 療的方案。
腸結核病人還要註重休息與營養。
休息與營養都可加強病人的抵抗力，令治療得以事半功倍。活動性腸結核病人，須臥床休息，並積極改善營養；消瘦、營養不良和因胃腸癥狀而妨礙進食的腸結核病人，還可予以靜脈內高營養治療。