腸胃不好主要由腸道菌群失調、胃潰瘍、腸炎等疾病所致，主要癥狀為打嗝、胃脹、惡心、嘔吐、食欲差等，嚴重者可出現反酸、燒心等癥狀。益生菌可以維持腸道菌群結構的平衡，保護腸道黏膜屏障，也可緩解腸道出現的炎癥反應。此外，益生菌也可作為抗原，直接發揮免疫激活作用，或通過自身分泌免疫激活劑，刺激宿主免疫系統，從而提高免疫力，進而保護機體健康，也有助於緩解腸道不好的癥狀。
在使用益生菌的時候，不建議與抗生素壹起服用。因為抗生素可能導致益生菌失效，並且在服用時有些益生菌需要冷藏，要註意保存的條件。