院所學科專業齊全，外科學所有三級專業均為國家重點學科。現有野戰外科、骨科、普通外科、神經外科、胸心外科、泌尿外科、心血管內科、呼吸內科8個國家級重點學科；眼科、消化內科2個國家重點培育學科和軍隊“2110”重點建設學科（野戰外科學）。有全軍戰創傷專科中心、全軍胸外科專科中心和全軍交通醫學研究所；高血壓代謝病、青光眼病、內耳疾病以及便秘為全軍專病中心；婦產科、小兒科、泌尿外科為全軍優生優育中心。戰創傷醫學、胸心外科、眼科學、神經內科、生物醫學工程、腫瘤治療學為重慶市重點學科，高血壓病研究所、耳鼻咽喉—頭頸外科研究所、交通醫學研究所、創傷愈合與組織工程研究所、宮頸癌防治研究所、生物醫學工程研究所為重慶市研究所，皮膚科為重慶市高校皮膚組織工程研究中心。