第四輪學科評估結果：上海中醫藥大學位列A+的學科最多，有3個：上海中醫藥大學的中醫學和中西醫結合兩個學科都是與北京中醫藥大學並列A+，而在中藥學這個學科，上海中醫藥大學和黑龍江中醫藥大學兩所地方高校並列A+。
學科評估是學位中心以第三方方式開展的非行政性、服務性評估項目，2002年首次開展，截至2017年完成了四輪。
學科評估主要舉措：
1、強化人才培養中心地位，如加強在學質量與畢業質量相結合的學生質量評價：在學質量突出學生“德智體美勞”全方位代表性成果，註重學生參與度和貢獻度；畢業質量堅持整體就業質量和職業發展質量相結合，註重用人單位評價。
2、堅決破除“五唯”頑疾，如評價教師不唯學歷和職稱，不設置人才“帽子”指標，避免片面以學術頭銜評價學術水平的做法。評價科研水平不唯論文和獎項，設置“代表性學術著作”“專利轉化”“新藥研發”等指標，進行多維度科研成效評價。