藥物取石，療效不確定，治療時間長，反復治療後有可能采取其他方法；
體外碎石，超聲碎石對較少的塊狀結石有效，但對沈澱物樣結石無效。
手術取石療效確切徹底，但痛苦大，費用高，術後易形成腹腔粘連。
介入碎石痛苦較小，對少量肝內膽管結石效果較好，但可能無法取出結石，治療時需要切開十二指腸乳頭，可能導致十二指腸乳頭狹窄；
總之，肝內膽管結石的治療需要根據具體情況來選擇。無論采用哪種治療方法，肝內膽管結石復發的可能性都很高。更重要的是要註意合理的飲食結構(低脂易消化，少量多餐為佳，早餐很重要，不要不吃)和飲水質量。良好的生活習慣對預防復發有很好的作用。