因為壹般高保真酶具有核酸外切酶活性，雖然保真度提高了，但擴增效率會降低，所以使用Pfu時，擴增時間往往比Taq酶長，Pfu Ultra更好。但Taq酶P有條帶是必然的。如果換成高保真酶，直接P可能沒有結果，或者條帶很弱。
Phusion最好，保真度可能是Taq酶的50倍左右，而且太強，基本沒有p。