衛生行政部門壹般指國家衛生計生委、各省自治區衛生計生委、各市縣衛生計生局等各級政府中主管醫療衛生行政的部門。
衛生行政部門主要負責醫療衛生方面的政策和環境工作。具體執法和業務工作由下屬機構開展，包括負責行政執法的衛生監督局(所)、負責傳染病和慢性病防治的疾病預防控制中心(原稱衛生防疫站)、負責婦幼保健的婦幼保健院、各級醫院和鄉鎮衛生院。