壹、指代不同
1、NTFS：是?Windows?NT?環境的文件系統。新技術文件系統是Windows NT家族的限制級專用的文件系統。
2、exFAT：是Microsoft在Windows Embeded 5.0以上（包括Windows CE 5.0、6.0、Windows Mobile5、6、6.1）中引入的壹種適合於閃存的文件系統，為了解決FAT32等不支持4G及其更大的文件而推出。
二、優缺點不同
1、NTFS：對FAT和HPFS作了若幹改進，例如，支持元數據，並且使用了高級數據結構，以便於改善性能、可靠性和磁盤空間利用率，並提供了若幹附加擴展功能。
2、exFAT：采用了自由空間位圖負責容量分配，刪除與寫入性能得到最大限度地改進。
三、支持存儲空間不同
1、NTFS：NTFS可以支持的分區(如果采用動態磁盤則稱為卷)大小可以達到2TB。而Windows2000中的FAT32支持分區的大小最大為32GB。
2、exFAT：單文件大小最大可達16EB（18,446,744,073,709,551,616字節，（理論值,16×1024×1024TB），1TB=1024G）。