何建國教授主要致力於水生經濟動物疫病控制理論和關鍵技術的研究。近年來主持科技部國家科技支撐計劃、國家“863”計劃、國家重點基礎研究發展計劃(973計劃)、國家自然科學基金等國家和省部級部委科研項目40余項，擔任農業部對蝦現代產業技術體系首席科學家， 國家公益性行業(農業)專項“對蝦養殖管理信息系統的建立與應用”首席科學家，科技部“南海海水養殖業升級關鍵技術與示範”項目首席科學家。 近年來，何建國教授帶領的研究團隊在對蝦病毒病綜合防治、虹彩病毒致病機理及防治技術、虹彩病毒和神經壞死病毒疫苗研發、水產品安全技術支撐體系研究、示範和推廣應用等方面取得了重要進展。其成果獲廣東省科學技術特等獎1，廣東省科學技術壹等獎1，教育部提名的國家科技進步壹等獎1，在國內外雜誌發表論文200余篇，SCI收錄論文90余篇，申請國家發明專利20余項，其中授權10項。
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