實驗室擁有寬敞的實驗辦公樓和現代化的儀器設備。實驗室用世界銀行貸款1.2萬美元、“211重點學科”建設基金1.6萬元、上海市“最重要”自然地理系建設基金和科技部撥付的設備更新改造費購置了幾套現代化儀器設備。其中包括測量海流、波浪和潮汐的ADCP聲學海流剖面儀，測量溫度、鹽分和深度的Entco 174SSM自計數海流計、SBE26波浪儀、SBE25CDT，測量水深和懸浮泥沙的449DF熱敏雙頻測深儀，測量含沙量的OBS-3濁度儀和聲學懸浮泥沙儀，測量水下地形的3050-II side。用於探測淺海底結構的GEOChirp淺地層剖面系統、用於精確定位的1008/586全球定位系統(GPS)、GBX-PRO差分定位器、YSI16920多參數水質探測儀、淺水流速儀(2D-ACM)、LISST-25激光沙計、ADV三維流速儀和光學背散射OBS。以及氣相色譜/質譜聯用儀(GC/MS)、流式細胞儀(FCM)、光子檢測系統、等離子發射光譜儀(ICP)、瓦裏安氣相色譜儀、LS100Q激光粒度分析儀、交變脫磁器、營養素自動分析儀、原子吸收光譜儀、碳氫、氮、硫、氧元素分析儀、高效液相色譜儀、TOC分析儀、穩定同位素質譜儀。還有波流坡泥沙水槽、工作站網絡系統以及集地理信息系統、遙感圖像處理系統、地圖出版系統於壹體的地理信息與圖像處理系統。
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