尖銳濕疣有許多不同的治療方法，壹般來說做局部治療就可以了。常用的局部治療有液氮冷凍及二氧化碳激光、微波治療，前者是采用很低的溫度將尖銳濕疣的疣贅狀新生物“凍死”，脫落。二氧化碳激光是利用激光所產生的高能量集中到疣體上將其破壞，是壹個簡單、有效、較為普遍采用的方法，微波治療是利用電磁波的熱灼作用，達到清除疣體，是壹種新的治療手段
目前用以治療尖銳濕疣的外用藥有很多，原理不外乎兩個，壹個是具有強烈腐蝕性的藥物，塗到疣體上後使組織壞死脫落，如的三氯乙酸溶液，這類藥物如果塗到正常皮膚黏膜上，同樣可造成化學燒灼，有時可以是很嚴重的，因此壹定要由醫護人員掌握使用，患者本人不宜使用;壹個是具有抑制細胞生長作用的藥物，塗到疣體後抑制了上皮的增生，漸漸疣體脫落消失，常用的有鬼臼毒素、足葉草脂、5-氟尿嘧啶等。目前市面上還有壹些從中藥中提取成分配制成的藥膏或藥液，作用方式不外上述兩種。不管用何種藥物，都應該在醫務人員的指導下使用。
尖銳濕疣在徹底治愈之後，不會影響到以後的生育，以及懷孕，但由於尖銳濕疣這種病毒非常難以去除，因此，目前來說，如果能夠在癥狀消失之後的壹年之內不再次復發，視為已經徹底治愈，否則不建議進行生育。