論文是某壹學術課題在實驗性,理論性或觀測性上具有新的科學研究成果或創新見解和知識的科學記錄,或是某種已知原理應用於實際中取得新進展的科學總結,用以提供學術會議上宣讀,交流或討論;或在學術刊物上發表;或作其他用途的書面文件,從這個定義來看,論文有時候完全是純理論的東西,而且對論文所要表達的內容並無太多限制,只要是新的研究成果即可,包括純理論的,如數學公式、科學發現等。論文帶給作者的很多時候只是榮譽以及著作權。
專利明顯不同，專利可保護的內容有限制，象數學公式、科學發現、外科手術方法、克隆技術等可以用論文形式發表的，都不能用專利來保護。這是內容的差別。
還有法律意義上的差別，專利實際上是專利權的簡稱，它是國家或地區給與專利權人的壹種排他權，除非專利權人允許，他人不得實施同樣的專利技術，法律強制性很強，但是論文則完全沒有這種法律約束，妳發表了論文，卻不能影響別人實施妳論文的技術（當然，侵犯著作權則是另外的事）
很多搞科研的人，很重視論文的發表，覺得那是體現學識優勢的途徑，但是不曾想，卻也是免費教材。而且很多專家習慣先發表論文，然後再去考慮申請專利，卻會因為論文的公開導致喪失新穎性。