壹、化學構成不同
1、醚菌酯：(E)-2-甲氧亞氨基-[2-(鄰甲基苯氧基甲基)苯基]乙酸甲酯，是壹種高效、廣譜、新型殺菌劑。
2、嘧菌酯：(E)-[2-[6-(2-氰基苯氧基)嘧啶-4-基氧]苯基]-3-甲氧基丙烯酸甲酯；阿米西達；(E)-2-{2-[6(2-氰基苯氧基)嘧啶-4-基氧]苯基}-3-甲氧基丙烯酸甲酯。
二、特點不同
1、醚菌酯：能控制治療子囊菌綱等大多數病害，對孢子萌發及葉內菌絲體的生長有很強的抑制作用，具有保護，治療和鏟除活性，另外有很好的滲透及局部內吸活性，持效期長。
2、嘧菌酯：嘧菌酯不能與殺蟲劑乳油，尤其是有機磷類乳油混用，也不能與有機矽類增效劑混用，會由於滲透性和展著性過強引起藥害。
三、用途不同
1、醚菌酯：具有廣譜的殺菌活性，同時兼具有良好的保護和治療作用。與其它常用的殺菌劑無交互抗性，且比常規殺菌劑持效期長。具有高度的選擇性，對作物、人畜及有益生物安全，對環境基本無汙染。
2、嘧菌酯：是甲氧基丙烯酸酯(Strobilurin)類殺菌農藥，高效、廣譜，對幾乎所有的真菌界（子囊菌亞門、擔子菌亞門、鞭毛菌亞門和半知菌亞門）病害如白粉病、銹病、穎枯病、網斑病、霜黴病、稻瘟病等均有良好的活性。
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