幹黃豆要完全泡在水裏，最好選擇新鮮的非轉基因小黃豆。經過測試，黑豆和綠豆都可以。根據資料，玉米和花生也可以做納豆，但是豌豆好像不行。
將黃豆用水煮至手指被壓碎，將黃豆瀝幹。
趁熱將黃豆裝盤或放入保鮮盒中，蓋上保鮮膜，放在溫暖的地方保溫2天左右(可以放酸奶機或熱水袋加熱，溫度最好在37-38度，略高於人體體溫)。ps。納豆芽孢桿菌是壹種好氧菌，最好將黃豆裝盤，厚度不要太厚，壹般控制在2cm左右。
當大豆間長出白色薄膜，逐漸變得透明時，將制備好的納豆放入冰箱低溫蒸煮數小時後再食用或冷凍長期保存。長期儲存可以分成1份，放冰箱冷凍。最好在室溫下冷藏或解凍，不宜微波加熱，使納豆菌活性最大化。
做好的納豆可以隨心所欲的搭配各種調料食用，如醬油、芥末、辣椒醬、蔥、姜、蒜、香油等。也可以做成熱湯。但為了保證nattase的活性，最好不要加熱食用。
吃之前記得先攪拌豆子形成菌絲體再調味，不然納豆不夠黏就會變濕。