2004年，原南通醫學院、南通工學院、南通師範學院組建南通大學，原南通醫學院分為南通大學基礎醫學院和臨床醫學院。2006年9月，原南通大學基礎醫學院和臨床醫學院合並組建南通大學醫學院。
開設專業:學院有12本科專業和臨床醫學、口腔醫學、醫學影像、康復治療、藥學等專業方向。
獲獎情況:1獲國家技術發明二等獎，2獲江蘇省科技進步壹等獎，107承擔國家科研項目，32項省級科研項目，發明專利25項，實用新型專利66項。