根據TMS刺激脈沖的不同，TMS可分為三種刺激模式:單脈沖TMS (sTMS)、雙脈沖TMS (pTMS)和重復TMS(rTMS)。STMS由手動無節律脈沖輸出控制，也可刺激多個刺激，但刺激間隔較長(如10秒)，多用於常規電生理檢查。PTMS常用於研究神經的易化和抑制，方法是在同壹刺激部位以很短的間隔連續給予兩種不同強度的刺激，或者在兩個不同的部位施加兩種刺激器(也叫雙線圈TMS，dTMS)。RTMS可分為高頻和低頻，因此需要設備在同壹刺激部位給予慢節奏低頻或快節奏高頻rTMS。不同刺激參數(模式、頻率、強度、間隔、持續時間、刺激部位、刺激方向等)的RTMS。)具有不同的神經生理效應。低頻刺激模式引起皮層抑制，高頻刺激模式引起興奮。在臨床上，主要是通過捕捉和利用這種生物效應來達到診斷和治療的目的。
目前，經顱磁刺激技術已得到廣泛應用，國內經顱磁刺激技術已達到世界先進水平的產品，特別是“惰性液體冷卻系統”的出現，是經顱磁刺激技術新的裏程碑，使這項技術真正能夠長期連續工作，並使其廣泛應用於臨床。抑郁癥的治療在美國已經通過了FDA的認證。
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