申請文件存在審查員認為不可能通過補正方式克服的明顯實質性缺陷，審查員發出審查意見通知書後，在指定的期限內申請人未提出有說服力的意見陳述和／或證據，也未針對通知書指出的缺陷進行修改，例如僅改變了錯別字或改變了表述方式，審查員可以作出駁回決定。
如果是針對通知書指出的缺陷進行了修改，即使所指出的缺陷仍然存在，也應當給申請人再次陳述和／或修改文件的機會。對於此後再次修改涉及同類缺陷的，如果修改後的申請文件仍然存在已通知過申請人的缺陷，審查員可以作出駁回決定。
申請文件存在可以通過補正方式克服的缺陷，審查員針對該缺陷已發出過兩次補正通知書，並且在指定的期限內經申請人陳述意見或者補正後仍然沒有消除的，審查員可以作出駁回決定。