根據發展歷史、影響、測序原理和技術的不同，主要有以下幾種:海量平行簽名測序、MPSS、Polony測序、454焦磷酸測序、Illumina (Solexa)測序、ABI固體測序、離子半導體測序、DNA納米球測序等
高通量測序技術是對傳統測序的革命性變革，壹次可以對幾十萬到上百萬個DNA分子進行測序，因此在壹些文獻中被稱為下壹代測序，可見其劃時代的變革。同時，高通量測序使詳細分析壹個物種的轉錄組和基因組成為可能，因此也被稱為深度測序。
自從2005年454生命科學公司(2007年正式被羅氏收購)推出454 FLX焦磷酸測序平臺後，因為他們的旗艦產品系列毛細管陣列電泳測序儀遇到了兩個強大的競爭對手，曾經推出3730xl DNA分析儀的應用生物系統(ABI)的領先地位開始動搖，該儀器壹直占據測序市場的最大份額。壹個是羅氏的454測序儀。另壹個是2006年美國Illumina公司推出的Solexa基因組分析儀平臺。為此，ABI公司在2007年推出了自己的固體測序儀。這三個測序平臺是目前高通量測序平臺的代表。