使用該系統時，應特別註意以下事項：
1.補充繳費信息必須真實完整、準確無誤，特別是銀行或郵局匯款繳費人所填匯款人、匯款賬號、開戶行、匯票號碼、匯款金額等信息必須與實際匯出款項（銀行或郵局回單信息）壹致，否則補充繳費信息無法與實際匯款信息匹配而導致銀行直接退款或郵局退款。
2.不同專利類型對應的申請號驗證規則、費用種類不同，只能單獨生成補充繳費信息，因此補充不同類型專利繳費信息時應分類型分別生成訂單，並在銀行或郵局分別匯款。不同專利類型對應批量繳費模板也不同，批量導入繳費信息時應先選擇專利類型再下載費用信息模板，選擇錯誤會影響模版上傳。
3.費用通過銀行或者郵局匯付時遺漏或無法在匯單上記載所有必要繳費信息的，應當在匯款當天通過信息補充系統補充。補充繳費信息最晚不得超過匯款的次日。費用直接向國家知識產權局專利局（包括各代辦處）繳納的，如果使用該系統應當在繳費當天通過信息補充系統填寫繳費信息。