長期使用和保存後，會發現發酵單位低、泡沫過多、菌絲變形等異常現象，說明菌種退化，導致品質不佳。該菌種的應用將直接影響發酵生產，菌種質量是影響發酵成敗的關鍵因素之壹。針對菌種質量問題，結合菌種本身的特點和菌種制備的方法和條件，對退化的菌種進行處理，恢復其原有的優良特性，是保證生產穩定的基礎。本報告以細菌為例進行討論。
在適宜的環境條件下，菌絲經20-40天培養後可擴散到整個培養料中，經7-10天培養後可用於栽培種的移栽或生產。如果配制好的菌種暫時不用，可以在陰涼、幹燥、通風、避光、清潔的室內短時間保存，以保證菌種的質量。