吳中區科技創新步伐加快，自主創新能力不斷增強。2008年，全區組織實施各級各類科技項目189項，其中國家級5項，省級16項，市級71項。爭取市以上科技經費1876.2萬元。獲區級以上科技進步獎38項，其中獲市科技進步獎5項。全年專利申請量1831件，專利授權量591件。全年新增省級以上高新技術企業10家、民營科技企業21家、高新技術產品40只。
國家火炬計劃吳中醫藥產業基地不斷壯大，保持了年均20%以上的增長速度。國家級吳中科技創業園不斷發展壯大，已將木瀆旭鵬科技創業園作為其擴容基地。吳中科技園已有藥明康德、百世德等壹大批項目入駐。各類科技創業創新載體正在有序建設中。