40多年來，吳祖澤先後致力於輻射防護、實驗血液及胎肝臨床療效機理等多方面研究，僅改革開放以來的二十幾年間，他在國內外雜誌發表250多篇有創見的學術論文，編著和主編了多部學術著作，***獲得國家自然科學獎二等獎1項、國家科技進步獎二等獎2項、國家科技進步獎三等獎1項和軍隊科技進步獎11項，申請專利12項，曾培養了20多名碩士、博士研究生，1988年被選為國際輻射研究協會首任中國理事，先後榮立三等功和二等功，1990年7月第壹批獲得高級知識分子政府特殊津貼。同年，被國家人事部評為全中國“有突出貢獻的中青年專家”。