兩者不同之處：
1、藥品組合物專利藥品組合物專利，是對包括二種或二種以上化合物組成的藥物活性成分的專利保護，如化藥的復方制劑，中藥的提取物等。對於組合物專利，說明書中除了應當記載組合物的組分外，還應當記載各組分的化學和/或物理狀態，各組分可選擇的範圍、各組分的含量範圍及其對組合物性能的影響。
2、藥品化合物專利藥品化合物專利，壹般指對化學原料藥(API)申請的專利，藥品化合物專利多數需要用化合物的名稱或者化合物的結構式或分子式來表征專利要保護的範圍。藥品化合物壹般包括無機化合物、有機化合物、和高分子化合物等，也就是通常所說的“化學物質”。
由於藥品方法專利、藥品用途專利等均涉及具體的化合物，因而，藥品化合物專利的保護範圍較大，多數原研藥物都對化合物進行專利保護，來限制競爭對手的仿制。