從純化學的觀點來看，壹般認為烤煙煙葉在醇化和發酵過程中的變化主要是純化學變化(主要是氧化反應)，酶催化和微生物的作用是次要的；微生物作用理論認為，煙草發酵的初始原因是微生物的參與，微生物制約著發酵過程和發酵質量，發酵後期是在無機催化劑的作用下進行的。酶變概念認為，煙草發酵是有自身酶參與的生化過程，是煙葉幹燥後保留活性酶的結果。雖然煙草陳化發酵的機理至今尚無定論，但可以確認的問題有:發酵過程主要是壹個氧化反應，發酵過程的主要特點是不同程度地消耗氧氣，釋放co2和熱量。煙葉發酵完全不同於其他植物的酒精發酵，兩者之間沒有任何聯系。煙葉在醇化和發酵過程中的變化並不是調制過程中各種生理生化變化的延續，兩者之間有很大的差異。