1、定義：保證金：通常是在合同簽訂時，賣方或服務提供者向買方或接受服務者收取的壹筆資金。這筆資金主要用於確保合同履行、降低潛在風險，以及在合同期滿或終止時進行合理的清算。保證金的具體金額和支付時間取決於合同條款。特許權使用費：是指在許可協議（如商標許可、專利許可或商業秘密許可等）中，被許可人向許可人支付的費用，作為使用許可知識產權的對價。特許權使用費的金額、支付時間和支付方式通常在許可協議中明確規定。
2、目的：保證金：主要目的是為了降低合同雙方的風險，確保合同順利履行。特許權使用費：目的是為了確保被許可方支付使用許可知識產權的對價，以鼓勵其繼續使用和推廣許可的知識產權。
3、支付方式和時間：保證金：通常在合同簽訂時壹次性支付，或者按照合同約定的時間表進行分期支付。特許權使用費：通常按照被許可方實際使用和推廣許可知識產權的情況，按照合同約定的時間表進行分期支付。
4、法律性質和管轄：保證金：在多數情況下，保證金屬於商業行為，而非嚴格的法律問題。它的處理主要依據合同條款和商業慣例。特許權使用費：屬於知識產權法律領域的問題，通常受到合同法、著作權法、商標法和專利法等法律的調整和保護。