在天然產物提取中的應用
由於亞臨界流體常溫常壓條件下是氣體狀態, 因此亞臨界流體極易氣化，由此可以在常溫或者較低溫度的狀態下對熱敏性物料做到萃取和分離。經過實踐，亞臨界流體萃取技術已應用於眾多的天然產物脂溶性成分的提取。如欒樹籽、無患子果、青刺果、沙棘、黃連木果、虎堅果、玫瑰花、薰衣草、銀杏葉、青蒿等。
在食品工業中的應用
亞臨界流體萃取技術在食品工業的應用，主要集中在食用植物粉的脫脂環節及副產物油脂方面的應用，由於某些植物果實本身富含油脂，而高含油食品極易酸敗，保質期很短，因此，植物粉的脫脂成為制約植物粉生產的關鍵環節。用亞臨界流體萃取技術脫除大豆、花生、核桃、杏仁、小麥胚芽、咖啡豆、南瓜籽等幾十種物料的脫脂生產，同時萃取得到相應的植物油。從萃取效果看，在低溫狀態下所得的植物粉活性成分得到了最大限度的保護，以植物蛋白為例，水溶性蛋白指標NSI在86%以上，小麥胚芽油的VE成分95%以上得以保持。 與其他方法相比具有明顯優勢: 處理物料量壹般在30-100噸/日，萃取時間短、成本低。隨著天然產物的開發範圍越來越廣，亞臨界流體萃取技術在食品工業具有更加廣闊的應用前景。
另外，亞臨界流體對全脂奶粉中奶油的提取呈現出很好的效果，提取率在20%以上，所提取奶油味道純正，是奶粉（含過期奶粉）中提取奶油的最佳生產工藝。
在中藥（包括復方中藥）行業中的應用
亞臨界流體萃取在中藥行業的應用已經涉及中藥及復方中藥的有效成分的提取，並已實現工業化生產。如從五味子、紅花、川芎、靈芝孢子、水飛薊、栝樓籽、當歸、刺五加亞臨界萃取比石油醚抽提優越, 比超臨界日處理量大、具有收率高、提取周期短及無溶劑殘留等優點, 特別適合於中藥脂溶性活性成分的提取。
另外，由於許多中藥中的脂溶性成分在中成藥的生產過程中起著不同程度的副作用，因此亞臨界流體萃取在中藥加工前的脫脂處理具有很大的發展空間。
在動物油脂提取中的應用
在動物油脂的提取方面，先已做到從林蛙卵中提取出林蛙卵油，從黃粉蟲中提取黃粉蟲油，從蠶蛹中提取蠶蛹油，從蠍子中提取蠍子油，從羊蹄子中提取羊蹄子油。
在天然色素行業中的應用
近幾年來，亞臨界流體萃取技術在色素的提取方面有著很大的發展，在河北，山東、雲南、新疆、甘肅、吉林建有十余家亞臨界流體萃取生產線，主要從事辣椒紅色素、萬壽菊黃色素、番茄紅色素、姜黃色素、蠶米綠色素的生產。
在天然香料行業中的應用
在天然香料行業，已提取出玫瑰浸膏，十香菜浸膏、薄荷浸膏、桂花浸膏、茉莉浸膏、可可脂等產品。
在特種油脂方面的應用
在特種油生產方面，已經涉及小麥胚芽油、葡萄籽油、杏仁油、南瓜籽油、亞麻子油、石榴籽油、橘子籽油、櫻桃籽油、沙棘油、花椒油、葵花籽油、胡麻油、青刺果仁油、松子油、大蒜油、洋蔥油、生姜油等幾十種特種油脂。