我院的歷史可以追溯到1933。前身是中國最早的水利科學研究機構——中國水利第壹實驗室。幾經變動，於1958經國務院計委批準，多家單位合並組建水利水電科學研究院。1994年經國家科委批準更名為中國水利水電科學研究院。
經過50多年的發展，我院已建成學科齊全、人才優勢明顯的國家級水利水電綜合科研技術開發中心。截止2011年末，全院職工1411人，其中醫院本部職工1159人，田園水利研究所職工137人，天津市水利機電研究所職工65438+。目前擁有13家非營利性科研院所，5家科技型企業，1家綜合業務部門，1家物流企業，擁有4個國家級研究中心和6個部級研究中心。主要研究領域涵蓋水文水資源、水環境與生態、防洪抗旱、水土保持與河湖治理、農村牧區水利、水利史、水力學、巖土工程、水工結構與材料、工程抗震、機電、自動化、工程監測與檢測、風能及其他可再生能源、信息技術等多個學科。擁有工程咨詢甲級資質證書(水利工程水電)、水文水資源調查評價甲級資質證書、建設項目環境影響評價甲級資質證書、建設項目水資源論證甲級資質證書、水土保持監測甲級資質證書、水土保持方案編制甲級資質證書、水利工程質量檢測甲級資質證書(巖土工程、 混凝土工程與測量)、水利工程建設監理甲級資質證書、工程勘察壹級資質證書、文物保護工程勘察設計壹級資質證書、對外承包工程(工程施工和非工程施工)壹級資質、工程設計、設備制造監理、計算機信息系統集成資質通過國家計量認證和ISO9001質量管理體系認證等。 ，並先後入選北京市政府固定資產投資項目咨詢評估機構，水利部水利水電建設項目蓄水安全鑒定單位，大中型水閘安全評估單位。
我院有1國際中心作為中美節水灌溉聯合研究中心。4個國家級中心分別是北京節水灌溉工程技術研究中心、國家農業灌排設備質量監督檢驗中心、國家水電可持續發展研究中心和國家能源與水高效利用及大壩安全技術研發中心。6個部級中心分別是水利部防汛抗旱減災工程技術中心、水利部水資源與水生態工程技術研究中心、水利部水土保持生態工程技術研究中心、水利部草原水土保持生態研究中心、 水利部水環境監測與評價研究中心、水利部遙感技術應用中心。 流域水循環模擬與調控國家級重點實驗室1個，水利部水工程建設與安全部級重點實驗室和水沙科學與河流管理重點實驗室2個，學院級專業實驗室18個。配備了大型高速水流減壓箱、大型三通六自由度模擬地震振動臺、離心模擬試驗機、水力機械模型通用試驗臺、水質色譜-質譜聯用儀等壹大批規模和性能居國內外前列的重要儀器設備，以及大量自主研發的水利水電計算機軟件和大型高性能並行計算平臺，為科學研究創造了優良的基礎條件。
多年來，我院承擔了大量國家重點科技攻關項目和省部級重點科研項目，承擔了我國重大水利水電工程幾乎所有關鍵技術問題的研究任務，在國內外開展了工程技術咨詢、評估、技術服務等壹系列科研工作。醫院各類科研合同額逐年穩步增長，取得了壹大批原創性、突破性的科研成果。2011通過318驗收鑒定成果，獲國家科技進步二等獎1，獲省部級科技進步獎22項；出版專著38部，學術論文778篇，科研報告728篇；獲得45項專利授權公告。