在中醫、中西醫結合治療風濕病方面進行了大量科研工作，作為第壹負責人承擔了國家中醫藥管理局、國家科技部“十五”、“十壹五”攻關、國家自然科學基金（分中心）、北京中醫管理局課題、首都醫學發展基金重點課題、北京中醫管理局“3+3”薪火傳承建設項目——焦樹德教授名醫工作室、國家中醫藥管理局“十壹五”重點專科（風濕病）組長單位、2008年國家中醫藥行業專項“基於中醫療效優勢的強直性脊柱炎（大僂）診療方案研究”及中日友好醫院院級重點課題等多項科研課題。於2009年擔任新加坡中華醫學會及專科中醫研究院邀請舉辦的“焦樹德教授治療風濕病臨床經驗”專題研討會主講人。
已帶教及培養出博士研究生17人、碩士研究生16人、北京市“1.25工程”培養拔尖人才1人、帶徒弟2人。多年承擔北京中醫藥大學、北京大學醫學部碩士及本科的中醫內科學、中醫學等的授課和留學生的臨床教學工作。 專利名稱壹種治療強直性脊柱炎的中藥組合物及其制備方法 申請號 CN201210114528.2公開號 CN103372132A申請人 閻小萍
專利名稱壹種治療熱痹外用中藥及其制備方法 申請號 CN201210114529.7公開號 CN103372170A申請人 閻小萍
專利名稱壹種治療寒痹外用中藥及其制備方法 申請號 CN201210114537.1公開號 CN103372065A申請人 閻小萍
閻小萍教授是中醫五連環序貫療法創始人。中醫五連環序貫療法，是國家中醫藥管理局“十壹五、十二五”重要科研成果。它將傳統中醫的經絡導引、針灸、透藥、募療、腧療、灸療、火針、蠟療等方法，與傳統中醫思想與現代醫學理論、先進醫療設備相結合，針對不同病理、不同程度的患者，通過靜脈引絡、體質療法、祛邪通絡、固本康復、功能恢復，“五大環節”環環相扣，嚴格遵循“辨證施治”法則開展治療。堅持“治病求本”和“治病防變”，為患者提供科學、有效的治療方案。被譽為風濕病中醫治療大成療法，開啟了風濕病治療中醫治療的嶄新時代。
閻小萍教授指出：“中醫五連環序貫療法之所以能取得如此了不起的醫學奇跡，主要在於此療法對傳統中醫精華的粹取與創新、對風濕病發病機理透徹的掌握和解析，做到了做到了縮短風濕患者康復時間、增強免疫能力、改善血液循環、恢復人體機能，長久鞏固療效等其他療法難以達到的效果。很多風濕病患者壹次治療康復後，很多年內都不再犯。這讓中醫五連環療法在風濕骨病患者中獲得了良好口碑，口口相傳，所以選擇采用此項療法的患者越來越多，當然，中醫五連環序貫療法治愈人數也就越來越多。”