楊通過多年的研究，提出了蘋果根系和根系結構的分類進化和根系誘導的新觀點和新技術，闡明了多胺與蘋果根系生長發育的關系，發現生長素可通過蛋白磷酸化調節根系鈣吸收，揭示了線粒體在蘋果根系細胞程序性死亡中的作用。首次報道了蛋白質磷酸化參與了水分脅迫下根系逆境信使的觸發，並定義了果樹逆境信號傳遞的三個階段。發現斷根和修枝可以提高蘋果的水分利用效率，提出了許多通過根系提高果樹水分利用效率的新措施，如“減少根系冗余，充分利用少數根”，“優化上下根比例”，“實行交替灌溉”等。無公害水果生產基地的建設和研究在國內開展較早，最早發表了《無公害水果生產技術》論文。提出了生產“綠色水果”的系統技術和中國“有機園藝”的發展戰略。篩選出4種蘋果抗性誘導劑，提出了多胺、壹氧化氮、鈣緩解蘋果重金屬鎘危害的觀點和技術。出版了三本“水果安全”領域的書籍。
楊先後講授了果樹研究方法、果樹栽培生理學、無公害果蔬生產概論、園藝學概論、有機農業概論等本科課程和果樹生理學、植物激素與果樹化學防治、農業研究方法概論、園藝植物根系與現代園藝(果樹)學等研究生課程。主持“山東省研究生教育創新計劃”1項，指導碩士、博士、博士後30余人，其中“蘋果和桃、杏的超微弱發光及其生理生化機制”研究生論文獲“山東省優秀學位論文”。