衣原體壹旦進入人體細胞，經過不同的發育階段，可以繁殖到血液中，感染人和動物，引發各種疾病。它可以存在於人體的結膜、咽、宮頸、尿道等部位，也可以存在於精液、尿液、糞便中，所以衣原體感染可以通過性交或日常接觸傳播。如被手、眼睛或病人汙染的衣服和用具，或胎盤和圍產期傳播。
衣原體會患什麽病？調查發現，半數患盆腔炎的婦女是由衣原體感染引起的，44.2%的不孕婦女可檢出衣原體抗體，是不孕的重要原因。此外，衣原體還可引起孕婦流產、早產、死產，以及肺炎、非淋菌性尿道炎、宮頸炎、子宮內膜炎、輸卵管炎、盆腔炎、直腸炎等。也可通過性接觸傳播，感染男性尿道，引起特發性附睪炎、前列腺炎、直腸炎，導致男性不育。衣原體感染患者約70%無明顯癥狀，部分患者臨床表現較輕。因此，當女性出現白帶增多、膿性白帶、性交後出血，男性出現尿道刺激癥狀時，應及時去醫院治療。
預防和治療是衣原體感染的關鍵。衣原體對熱敏感，在56 ~ 60℃只能存活5 ~ 10分鐘(也就是手在水中感覺熱的時候)。將汙染的毛巾、盆烘幹1小時後，用75%的酒精和5%的皂液即可殺滅衣原體。如果配偶壹方感染了衣原體，另壹方應同時接受檢查和治療。最好在醫生的指導下服藥。利福平、四環素、氯黴素、強力黴素和磺胺是常用的治療藥物。