①《專利法》第64條第二款規定：“外觀設計專利權的保護範圍以表示在圖片或者照片中的該產品的外觀設計為準，簡要說明可以用於解釋圖片或者照片所表示的該產品的外觀設計。”《關於審理侵犯專利權糾紛案件應用法律若幹問題的解釋》第8條規定：“在與外觀設計專利產品相同或者相近種類產品上，采用與授權外觀設計相同或者近似的外觀設計的，人民法院應當認定被訴侵權設計落入專利法第五十九條（先為專利法64條）第二款規定的外觀設計專利權的保護範圍。”據此，在A選項中，乙雖然制造的汽車模型與甲的外觀設計專利權的設計部分相同，但與甲的外觀設計適用的產品既不相同也不近似，故乙的行為未侵犯甲的外觀設計專利權。故A選項不當選。
②《專利法》第11條第二款規定：“外觀設計專利權被授予後，任何單位或者個人未經專利權人許可，都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、許諾銷售、銷售、進口其外觀設計專利產品。”可見，外觀設計專利權人不能控制為生產經營目的使用外觀設計專利產品的行為。故B選項中，乙的行為不構成對甲外觀設計專利權的侵犯。故B選項不當選。
③《專利法》第75條規定：“有下列情形之壹的，不視為侵犯專利權：（四）專為科學研究和實驗而使用有關專利的。”C選項中，乙工廠擅自制造的專利產品雖然用於科學研究，但不屬於專為科學研究。故乙的行為侵犯了甲對“伽利略”電子顯微鏡的專利權。C選項當選。
④《專利法》第67條規定：“在專利侵犯糾紛中，被控侵權人有證據證明其實施的技術或者設計屬於現有技術或者現有設計的，不構成侵犯專利權。”《關於審理侵犯專利權糾紛案件應用法律若幹問題的解釋》第14條第壹款規定：“被訴落入專利權保護範圍的全部技術特征，與壹項現有技術方案中的相應技術特征相同或者無實質性差異的，人民法院應當認定被訴侵權人實施的技術屬於專利法第六十二條（現為67條）規定的現有技術。”D選項中，乙實施的技術方案與丙的技術方案實質相同（無實質性差異），而丙的技術方案屬於現有技術（在甲的專利申請日之前已經公開），故乙符合“公知技術抗辯”的標準，乙的行為具有侵權的免責事由。故D選項不當選。
綜上所述，本題的正確答案為C選項。