北鬥導航系統在農業中的應用包括拖拉機自動導航駕駛系統、農業機械自主作業系統、無人機植保系統。農業機械的自主作業應用於壟作、收割、稭稈還田等領域。以聯合收割機為例，結合北鬥系統和地理信息系統采集數據，對農田進行數字化處理和分區，從而繪制出作物分布的輸出圖，以及如何根據產出率控制聯合收割機的運動和切割長度，操縱收獲率、脫粒率和餵入率，達到最佳收獲和收獲效率；分析控制中心輸出的增減，優化現場輸入。同樣，通過耕地面積的劃分和行距等參數的設置，水稻插秧也可以實現標準化種植，精度等級高，種植效果好。
搭載北鬥導航系統的無人植保飛機，遙控可靠性更高，在信號盲區尤其是偏遠山區實現了全面覆蓋。北鬥導航系統結合高光譜圖像處理技術、地理信息系統等技術，全面監測病蟲草害，分析病蟲草害的具體位置和嚴重程度，規劃飛行路線和飛行區域，精準施藥。此外，有研究表明，該系統還能使飛機到達最後壹次停止噴灑的準確位置，從而保證不重復噴灑，不遺漏區域。
北鬥導航系統在我國農業機械化領域的應用，將改變傳統作業模式，加快農業發展方式轉變。是壹項重要的種業實踐，具有良好的社會價值和經濟效益，引領了我國農業機械的轉型升級，為農業機械作業的信息化、智能化指明了方向，具有廣闊的產業前景。