面向華中地區的生態環境，該所長期從事落葉果樹(蘋果、梨、葡萄、桃、獼猴桃、櫻桃、李子、杏、草莓等)品種資源的研究和推廣工作。)和西瓜，如收集、保存、評價、優良品種選育、栽培技術、病蟲害綜合防治、果實貯藏加工等。以應用研究為主，以基礎研究為重點，參與國際交流與合作，服務社會和果農。獲得各級科技成果170余項，其中國家科技獎9項，省部級科技獎61項；培育和審定果樹、瓜類新品種100余個(其中1998-2008年審定果樹、瓜類新品種61個)。開發推廣新產品10多項，獲得國家發明專利5項，形成了壹批具有自主知識產權的技術和產品，在生產中得到推廣，產生了巨大的經濟效益和社會效益。
該研究所設立了八個專業研究機構。在此基礎上，形成了果樹和瓜類種質資源、果樹和瓜類遺傳育種、果樹和瓜類生理栽培、果實質量安全控制、果實貯藏與加工五大學科，並圍繞五大學科開展研究和技術推廣。成立了三家科技企業，成立了三個管理機構。鄭州桃園、葡萄園、國家中期西瓜數據庫、農業部果樹種苗質量監督檢驗測試中心(鄭州)、國家葡萄桃改良中心、國家落葉果樹良種繁育基地、農業部果樹脫毒苗成果轉化基地等都建在我院。主辦《果樹科學》、《中國瓜菜》、《果農之友》、《國內外果樹栽培技術選編》四種科技期刊。中國園藝學會西瓜專業委員會、中國園藝學會桃分會和全國西瓜協會隸屬於該所。在不斷的研發過程中，研究所擁有強大的研究實力和技術創新能力。在“十五”農業部組織的全國農業科研機構綜合科研能力評估中，在參評的1077家農業科研機構中排名第90位。
按照“科研院、產業發展院、穩定管理院”的指導思想，研究將優化科技資源配置，保持可持續的科技創新能力，建立多種產業發展體系，保持穩定的經濟收入來源。將研究院建設成為國內領先的果樹和甜瓜科技創新基地、國內壹流的果樹和甜瓜成果轉化基地、國內知名的果樹和甜瓜信息交流人才培養基地。為提高我國果樹自主創新能力，為農民增收和建設社會主義新農村做出更大貢獻。