專利權使用費屬於特許權使用費中的壹種，又因工資薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得都屬於個人所得稅的綜合所得，需要分兩個環節繳納個人所得稅：
（壹）預扣預繳：扣繳義務人在當年按月或按次預扣預繳稅款。
（二）匯算清繳：符合條件的，在次年3月1日～6月30日內辦理匯算清繳，多退少補。
根據《中華人民***和國個人所得稅法》的規定，下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（壹）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。
居民個人取得前款第壹項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合並計算個人所得稅；非居民個人取得前款第壹項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。
法律依據
《中華人民***和國個人所得稅法》第二條 下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：(壹)工資、薪金所得;(二)勞務報酬所得;(三)稿酬所得;(四)特許權使用費所得;(五)經營所得;(六)利息、股息、紅利所得;(七)財產租賃所得;(八)財產轉讓所得;(九)偶然所得。居民個人取得前款第壹項至第四項所得(以下稱綜合所得)，按納稅年度合並計算個人所得稅;非居民個人取得前款第壹項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。