（1）放養壹定數量的濾食性魚類。
雖然藍藻不易被消化，但由於其顆粒較大，更容易被濾食性魚類攝食到體內，因此放養壹定數量的濾食性魚類有助於延緩、阻礙藍藻的生長。可供選擇的魚類有白鰱、花鰱、白鯽等。實踐表明，尾重200g以上的白鰱對藍藻具有明顯的抑制作用，當白鰱總量達到100Kg/畝時，藍藻基本不會爆發。
（2）經常性的使用高質量微生態制劑。
首先使用芽孢桿菌，乳酸菌等降解池塘水體過多有機質，這些微生態制劑和藍藻競爭生態空間，可以穩定水體，促進綠藻等有益藻類生長。
芽孢桿菌的作用已被公認。但是，我們在使用時經常發現不同的產品會有不同的效果。有的產品用量少效果好，有的即使大量使用也不見效。為什麽呢？因為微生物制劑核心技術在於菌種的好壞和菌種的數量。很多養殖戶誤認為重量多數量就多。其實並非如此，先進的發酵技術和制劑技術可以使每克產品中的菌總數量達到500億以上。壹般的小廠家受制於技術和設備的制約很難達到。同時菌種的好壞更是決定了產品的使用效果。芽孢桿菌是帶有孢子的桿菌總稱，芽孢桿菌的種類多達上百種。有的適合人類腸道，有的適合水質改良，有的適合垃圾處理。也就是說並不是所有的芽孢桿菌都適合水產養殖。因此，建議大家在選擇產品的時候選擇高含量的產品，因為只有大廠家才能做出高含量的產品，同時他們也會在菌種庫當中選擇適合水產養殖的菌種進行生產。
（3）引進優良藻類抑制藍藻生長。
小球藻是優良藻種，在補藻過程中最常見也是最有效的產品。但是很多養殖戶購買了小球藻後在使用中的效果很難達到預期。那是為什麽呢？其實，大家在壹般途徑購買的小球藻活藻種的數量非常少。適合小球藻生長的溫度為 20～30℃，在此溫度下，小球藻會快速繁殖增長死亡。整個生命周期在12天左右。因此在常溫下，小球藻生命周期較短。從生產廠家到經銷商再到養殖戶手中整個過程需要經歷較長的時間。目前最新的技術是將小球藻進行超級濃縮，然後在4攝氏度冷藏保存，運輸過程中冷鏈運輸。這樣，養殖戶收到冷鏈運抵的超濃縮小球藻後，及時放入冰箱保存，使用的時候直接稀釋即可，既方便又能保證效果。
2、工程除藻
（1）引水換水
對於含有較多藍藻的池塘，經常、大量地換新鮮水，可稀釋藍藻的濃度，同時也可稀釋藍藻分泌的藻藍素等有毒物質的濃度，促進其它藻類的生長，保持整個生態系統的動態平衡。可以使水體富營養化關鍵性水質指標總磷和有機物汙染指標、高錳酸鹽指數濃度等有所下降。
（2）圍隔攔截
只能限制藍藻繁殖面積擴大，達不到治理藍藻的效果。
3、直接物理除藻
(1)人工打撈
人工打撈收獲藻類是控制藍藻總量最直接的方式，能有效減輕局部水華災害，在收獲藻類的同時起到輸出營養物的作用，減輕藻體死亡分解引起的藻毒素汙染。人工打撈收集手段落後，時間有限，導致效率低、費用高。
(2)其他方法
例如用活性炭吸附，對藻類、藻毒素的去除效果很好，但水中的有機物會影響活性炭的吸附活性，在大面積範圍內使用很難回收再生，處理成本就很高。
(3)徹底清塘消毒、加註不帶藍藻的新鮮水
由於藍藻比其它藻類更具競爭力，因此控制措施以預防為主、防重於治。徹底清塘消毒可有效殺滅藍藻，降低藻種數量，避免大規模爆發。避免隨加水帶入藍藻，對控制也有積極意義。
4、化學方法
低氮磷比，有利於藍藻進行固氮作用，高氮磷比則有利於綠藻繁殖。國外壹些學者認為，氮磷比接近或等於16:1時，能有效控制固氮藍藻的爆發。