中國農業科學院生物技術研究所成立於1986年6月，其前身是生物技術研究中心，1999年經中編辦批準，更名為生物技術研究所，是目前我國唯壹壹所以農業生物技術前沿基礎和應用基礎研究為重點的國家級非營利性科研機構。掛靠我所的農業部農作物分子生物學重點開放實驗室是我國農業生物技術領域重要的研發基地。研究所擁有7000平方米的實驗區和1200平方米的實驗溫室，在海南三亞、北京平谷和河北廊坊等地建立了田間示範基地，為功能基因大規模轉化、作物分子育種、新品種培育及轉基因生物安全性評價等工作提供了重要的硬件支撐。
研究所創新崗位編制90人，目前在崗科研人員78人，其中中國工程院院士1人、研究員15人、副研究員32人；博士生導師11人，碩士生導師22人；國家級有突出貢獻的中青年專家1人，農業部有突出貢獻的中青年專家2人，國家級“百千萬人才工程”人選2人；院級壹級崗位傑出人才2人、二級崗位傑出人才4人和三級崗位傑出人才6人。45歲以下的中青年科研人員占科技人員總數的86%，具有博士、碩士學位的人員占科技人員總數的68%，已成為我國農業生物技術領域的壹支重要骨幹力量。
研究所圍繞高產、優質、高效和可持續農業發展的國家需求，瞄準國際生命科學和生物技術發展前沿，進壹步擴大在轉基因農作物和重組微生物研究開發方面的優勢，並在植物代謝工程和微生物酶工程等學科前沿形成特色，堅持植物和微生物兩大學科群及相關學科的交叉與融合，重點開展八個方面的研究工作：植物基因工程，植物抗逆分子生物學，植物營養代謝和代謝工程，植物功能基因組學，基因表達體系和生物反應器，農業 微生物基因工程，環保微生物基因工程，農業轉基因生物安全性評價。
“十五”期間，研究所***承擔國家863計劃、973計劃、國家自然科學基金、國家轉基因植物研究與產業化專項、國家重大科技攻關項目及國際合作項目等100余項。獲得國家和省部級科技成果30多項，申請國家發明專利49項（其中獲專利授權11項、中國專利金獎1項、中國專利優秀獎1項），在國內外重要學術刊物上發表論文600多篇，出版專著11部。轉抗蟲基因三系雜交棉分子育種技術，利用油菜油體表達體系生產鮭魚降鈣素、轉Xa21基因抗病水稻、轉植酸酶基因玉米、抗草甘膦基因工程、水稻突變體創制、農業微生物制劑以及植物抗逆性分子生物學等基礎和應用基礎研究均獲得重大創新和突破性進展。
近年來，研究所以轉基因抗蟲棉和抗蟲三系雜交棉的產業化為龍頭，以微生物酶工程系列產品為新的增長點，積極探索促進科技成果轉化的新途徑，先後轉讓了抗蟲棉、甜蛋白、有機磷農藥降解酶及乳糖酶等科技成果十多項。
研究所積極拓寬國際合作渠道，逐步把外事工作的重心從增進交流轉向探討合作，接待了來自美國、英國、法國、加拿大等30多個國家的專家學者的來訪和交流，使科研人員及時了解國際農業生物技術領域的最新研究進展和發展動向。
作為專門從事農業生物技術研究的國家級科研機構, 生物技術研究所力爭經過5-10年的努力，建成國內壹流、國際知名的農業生物技術研究所，成為國家農業生物技術科技創新中心、科技產業孵化中心、國際合作交流中心和人才培養基地，為創新型國家和社會主義新農村建設做出更大貢獻。