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1.中國水稻創新育種技術
（1）優質超級雜交水稻新組合的選育
超級雜交稻的產量在雜交水稻的基礎上又提高了20-30%，超級稻畝產量達800公斤以上，遼優系列在新疆旱直播獲得畝產1077.0公斤的超噸產記錄，處於國際領先水平。
（2）超級稻新組合選育
超級稻新組合，產量超過國家超級稻育種目標，米質達到國家優質米標準，同時對稻瘟病、白葉枯病和螟蟲的抗性也得到有效的改良等，推廣面積已達6000萬畝以上，為實現超級雜交稻的產量新突破打下了基礎，也為大面積大幅度提高單產量創造了新的機遇。
（3）水稻高產等重要農藝性狀相關功能基因研究
完成了世界上第壹個水稻全基因組芯片的研制及水稻全基因組表達譜繪制，建成了包含7萬個獨立的T-DNA插入水稻突變體庫；分離了與水稻抗逆、抗病、高產密切相關的40個重要功能基因及400多個候選功能基因；建立了高通量的植物轉化、基因克隆、功能鑒定和作物分子設計平臺。
（4）高效抗蟲轉基因水稻培育及其應用
利用外源蛋白內質網定位技術、雙T去選擇標記轉化系統和雙價抗蟲基因策略選育高抗鱗翅目害蟲的轉基因水稻品系及優良雜交組合，轉基因水稻對二化螟、三化螟等鉆蛀性害蟲及稻縱卷葉螟等食葉性害蟲的控制效果顯著，可以減少農藥使用量及施放費用，具有巨大的社會經濟效益。
2.轉基因棉花新品種
（1）棉花雜交育種及雙價轉基因抗蟲棉
通過遠緣雜交、輻射、化學誘變等方法創造變異新材料，利用轉基因技術，輔以生態育種、穿梭育種等手段，將優質、豐產、抗病、抗蟲等性狀有機整合，培育出壹批具有突破性的優質、高產、多抗棉花新品種。
（2）優質、抗蟲、高產轉基因棉花生物育種技術
在單、雙價抗棉鈴蟲基因的基礎上，構建融合抗蟲、抗蚜以及抗除草劑等基因，導入棉花進行品種選育，選育出壹批轉基因抗蟲棉新品種，並成功的選育出高產、優質的三系雜交抗蟲棉，降低了棉花雜交制種的成本，產生了顯著的經濟效益和社會效益。
（3）棉花抗枯萎病和黃萎病的種質創新
研究提出了我國棉花枯萎病菌由3、7、8號小種組成（7、8號為世界首次報道），7號小種是我國的優勢小種，率先獲得了棉花黃萎病菌落葉型菌系基因組的探針PVD8-3；獲得了落葉型黃萎菌系獨有的RAPD特異條帶OPB-19966和OPM-201691；建立了可區分棉花枯萎病菌不同小種和黃萎病菌落葉型和非落葉型分子標記技術體系。已培育出抗枯、黃萎病新品系（種質）86-4、86-6、BD18以及抗病蟲優質新品系B203、X033等，間接經濟效益300億元以上。
3.禽流感防治
（1）禽流感綜合防治疫苗
采用重組DNA技術和反向基因操作技術，研制成功了重組H5N1亞型禽流感病毒滅活疫苗和H5亞型禽流感重組禽痘病毒載體疫苗2種疫苗，疫苗高度安全、抗原針對性強，免疫效力高、持續期長，能夠對各種禽類的流感提供有效保護；研制成功了具有國際先進水平的H5、H9亞型禽流感滅活疫苗；建立了RT-PCR和抗原捕捉ELISA等快速診斷技術。
（2）畜禽基因工程疫苗
以提高基因工程疫苗的免疫能力和安全性為目標，畜禽基因工程疫苗和免疫佐劑技術體系建設進展迅速，取得了重要進展。成功研制出雞傳染性法氏囊病（IBD）二價基因工程疫苗、4種DNA疫苗、豬偽狂犬病病毒閩A株SA215三基因缺失疫苗、偽狂犬病毒TK-/gG-雙基因缺失弱毒苗。構建了帶分子標記的高產重組禽流感疫苗株rH5N3，rH5N3禽流感疫苗，對雞和鴨等水禽的H5N1亞型高致病性禽流感具有100％的保護作用。制備了CpG、IL-6、IL-15分子免疫佐劑，建立了富含CpG重組質粒的基因工程菌150升改進的堿裂解法大規模提取、純化工藝。
（3）禽流感病原檢測
禽流感熒光PCR快速檢測技術，使檢測時間從過去的21天縮短到4小時 ，已在全國16個直屬檢驗檢疫局、24個出口養殖企業以及中國疾病預防控制中心和國內獸醫部門推廣應用。取得農業部頒發的壹類新獸藥註冊證書，發布了4項國家標準。研制開發出了禽流感病毒通用型、H5亞型、H7亞型和H9亞型的檢測和分型熒光RT-PCR檢測試劑盒及2種多重熒光RT-PCR檢測技術。實現了禽流感病毒的快速檢測與分型，檢測時間由原來的20天左右縮短為4小時，是目前檢測禽流感病毒最敏感、快速和特異的方法。已推廣應用20萬余頭份，創匯3億美元。
4.農產品深加工
“農產品深加工技術與設備研究開發”重大專項以產業化為目標，以企業為技術創新主體，聯合科研單位和大專院校組成攻關聯合體，在農產品加工重大關鍵技術、設備與產業化示範中取得豐碩成果，全面縮小了我國農產品加工技術與國際先進水平的差距。
截止2005年上半年，專項獲得新產品243個，新裝置86項，鑒定成果100項；申請國家專利182項，其中已獲得授權37項；制定已頒布實施標準91項，其中國家標準2項；篩選加工專用品種59個，建立加工專用原料基地658萬畝；培養博士、碩士386名；建成生產線105條，新增產值325億元，利稅44億元，出口創匯3.2億美元，促進農民增收累計達到54.3億元。