研究生國家獎學金由教育部和財政部設立，由中央財政資助。用於獎勵普通高校中表現突出的全日制碩士研究生。研究生國家獎學金向基礎學科和國家急需的學科(專業和方向)傾斜。成績優秀，競賽獲獎，發表論文，專利授權，參加學術會議等。表現優秀的可以申請。資助標準為研究生每年2萬元。
北京大學深圳研究生院在嚴格遵循國家相關政策的基礎上，結合自身學科發展特點，參照北京大學研究生獎學金制度，逐步形成了適合我院學生培養和學科建設的獎學金方案。研究生國家助學金(國家專項)對象為納入國家研究生招生計劃、人事檔案已轉入北京大學的中國全日制研究生(不含留學生)，有固定工資收入的除外。每個學生每學年6000元，每學年平均分配兩次。研究生專項獎學金，是為鼓勵研究生努力學習、投身科研、勇於創新、積極進取而設立的。資助範圍同上。生均8000元/學年，每學年發放兩次。各學院可根據具體情況，在預算內自行設定標準和覆蓋範圍。博士生研究支持崗位獎學金。博士研究生履行科研輔助崗位職責後，每年可獲得不低於49000元的科研輔助崗位經費(含國家助學金15000元)。那些未能履行科研支持崗位職責的人只能獲得部分國家資助。研究生國家獎學金(國家專項，可兼得)、五四獎學金、光華獎學金、中英獎學金、唐立新獎學金、寶鋼獎學金、臺港澳僑獎學金由北大學生處審核。中國星火基金會在我院設立的星火獎學金，資助我院匯豐商學院、國際法學院家庭貧困、品學兼優的研究生。比如其他系家庭貧困的同學也可以酌情申報。線路，12000 HKD/人。條件:1。取得北大深圳研究生院學籍，在校連續學習。2.家庭特別困難的人。3.通過北京大學深圳研究生院考試，成績和品行良好者。4.我願意傳承星火精神，回饋社會，有強烈的願望去幫助類似的同學。此次評審將由北京大學深圳研究生院學生處和中國星火基金會聯合進行。