從醫以來，鐘南山先後取得了國家、省市各級科研成果20多項，其中國家級科技進步三等獎壹項，部省級科技進步二等獎各壹項，三等獎壹項，在國內外醫學雜誌發表論文70多篇。
鐘南山主持過多項國家自然基金課題、國家攻關課題、衛生部及省科委重點課題，有13項成果獲得了衛生部、國家教委、廣東省科委及廣州市科委的獎勵。其中，制作的GD微型最高呼氣流速儀獲1980年廣東省科技進步三等獎；《轉基因因子研究》獲1982年廣州市科技成果壹等獎；《哮喘及氣道高反應性》獲1994年衛生部重大科技成果三等獎。他從自己獲得的廣州市科技進步金鼎獎的獎金中拿出壹半（5萬元），用來獎勵在科研中取得成績的年輕人。 1997年1月15日，中***廣州市委授予他“模範***產黨員”的稱號。
2003年6月19日，因在抗非戰鬥中表現卓越，他被廣東省委、省政府授予唯壹的特等功。
2003年，榮獲2003年度感動中國十大人物。
2004年4月8日，又被授予國內衛生系統的最高榮譽稱號——白求恩獎章。
2010年12月6日，鐘南山等十人獲評“十佳全國優秀科技工作者” 應用siRNA策略研制預防和治療SARS疾病特效藥動物實驗（廣東省科學技術二等獎 2008）
慢性咳嗽的病因診斷程序、發病機制及其治療研究（廣州市科學技術進步壹等獎 2008）
SARS冠狀病毒滅活疫苗及相關研究 （廣州市科學技術進步二等獎 2008）
創建防治結合型全科醫學人才培養模式，推動社區衛生服務可持續發展（國家級教學成果二等獎 2009）
利用食道電極膈肌肌電圖觸發呼吸機送氣的方法（發明專利 2008）
壹種能同時監測胃內壓和膈肌肌電的裝置（實用新型 2009）
肺靶向大黃素乳酸微球的制備方法及其在抗小鼠肺纖維化中的應用（發明專利 2010）
臨床技術操作規範－呼吸病學分冊（2008）
呼吸內科學（2008）
甲型H1N1流感防治知識（2009）