專利申請權糾紛和專利權屬糾紛屬於專利糾紛，屬於人民法院的受案範圍。對於這類糾紛，當事人可以請求專利管理機關調解，也可以直接向人民法院提起訴訟，而不是先請求專利管理機關處理，再對行政機關作出的行政決定不服，再向人民法院提起訴訟。專利管理機關處理專利申請權糾紛和專利權屬糾紛，不是先決條件和必經程序。人民法院不得以當事人未請求專利管理機關先行處理為由，拒絕受理專利申請權糾紛和專利權屬糾紛。
(二)有管轄權的人民法院
人民法院對專利權屬糾紛案件的管轄，應當按照《最高人民法院關於專利案件管轄分工的規定》執行，即省、自治區、直轄市人民政府所在地的中級人民法院可以作為第壹審法院；經濟特區中級人民法院；各省、自治區高級人民法院根據實際需要，向最高人民法院指定的中級人民法院報告。各省、自治區、直轄市高級人民法院是二審法院。
(3)關於屬地管轄權
對於專利權屬糾紛案件，地域管轄的劃分應當以被告所在地人民法院管轄為原則。有些人認為為不屬於他們的發明申請專利也是侵權。因此，可以根據侵權行為確定管轄法院。這種理解顯然是不恰當的。在專利最終歸屬不明確的情況下，根本不存在侵權。因此，不應根據侵權行為來確定管轄權。有人認為專利權由國務院專利行政部門授權，將來法院確權後仍由國務院專利行政部門變更，因此應由國家知識產權局所在地法院管轄。這種理解也是錯誤的。因為這類糾紛是純民事糾紛，在權利最終歸屬明確後，國務院專利行政部門也是根據當事人提出的變更申請和法院生效的專利權屬判決做出權利主體的變更，與法院的管轄權分配無關。
法律依據:《中華人民共和國行政訴訟法》
第十四條基層人民法院管轄第壹審行政案件。
第十五條中級人民法院管轄下列第壹審行政案件:
(壹)對國務院各部門或者縣級以上地方人民政府的行政行為提起訴訟的案件；
(二)海關處理的案件；
(三)管轄範圍內的重大復雜案件；
(四)其他法律規定由中級人民法院管轄的案件。
第十六條高級人民法院管轄本轄區內重大、復雜的第壹審行政案件。
第十七條最高人民法院管轄全國範圍內重大、復雜的第壹審行政案件。