專利侵權糾紛是民事糾紛，由當事人自行協商解決，有利於平息紛爭，化解矛盾。修改後的《專利法》第57條首先提倡這種解決方式。但是協商解決不是請求處理或者起訴的專利侵權糾紛的處理模式壹般有協商解決、行政處理、司法解決和訴前臨時措施前提條件。當事人不願意協商的，可以直接通過行政或司法程序處理侵權糾紛。
2、行政處理
由管理專利工作的部門處理專利侵權糾紛是實現專利權保護的重要途徑。依《專利法》第57條規定，專利管理機關處理侵權糾紛時，有權認定侵權行為是否成立；認定侵權行為成立的，有權責令侵權人立即停止侵權。
對專利管理機關的處理決定，當事人不服的，可以在收到處理通知之日起15天內向法院提起行政訴訟。侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，專利管理機關可以申請人民法院強制執行。
專利管理機關也可以對侵犯專利權的損害賠償問題進行調解。但損害賠償屬於典型的民事救濟方式，專利管理機關只能應當事人的請求進行調解，不作處理決定。調解不成的，當事人可向人民法院提起專利侵權的民事訴訟。
3、司法解決
所謂專利權糾紛的司法解決是指為了有效地對侵犯專利權行為予以制裁，給權利人以適當的補救，維護市場秩序，司法機關給予專利權人以必要的司法救濟。當專利權受到不法侵害時，專利權人可以直接向人民法院起訴。
依照最高人民法院的規定，專利侵權糾紛的第壹審人民法院，是各省、自治區、直轄市人民政府所在地的中級人民法院、各經濟特區的中級人民法院及各地高級人民法院指定、經最高人民法院同意的較大城市的中級人民法院。基層人民法院和其他中級人民法院不能作為第壹審法院審理專利侵權糾紛案件。
4、訴前臨時措施
訴前臨時措施，是指在訴訟開始之前，為制止正在實施或即將實施的侵權行為所采取的措施。修改後的我國《專利法》新增的第61條規定：“專利權人或者利害關系人有證據證明他人正在實施或者即將實施侵犯其專利權的行為，如不及時制上將會使其合法權益受到難以彌補的損害的，可以在訴前向人民法院申請采取責令停止有關行為和財產保全的措施。人民法院處理前款申請，適用《中華人民***和國民事訴訟法》第93條至第96條和第99條的規定。”