發明專利申請書的第壹部分為背景技術介紹，要求專利發明人對背景技術及其不足之處進行總結。科研論文第壹步部分和發明專利申請書很類似，也是介紹前人的研究工作及不足之處。不同之處在於科研論文必須引用和列出相應的參考文獻，而發明專利申請則可以不列參考文獻。
發明專利申請書的第二部分為發明的技術方案。這部分和論文的方法（method)比較類似，但不同之處居多。這部分要求發明人用文字和公式闡述發明的技術方案，不能用圖表。即使發明的技術方案用圖表更容易說明問題，發明人也必須把圖表內容轉換成文字。尤其是涉及到復雜裝置的技術方案，用文字表述需要特殊技巧。論文的方法部分則沒有多少限制，論文撰寫人可以選擇更容易讓讀者理解和明白的論文撰寫方式。可以有詳細的公式推導和圖表。
發明專利申請書的第三部分為實施例和發明專利,這部分要求發明人必須結合發明專利附圖說明發明的具體實施方案。這部分和論文的實驗部分類似，但差別很大。發明專利實施例為實現發明技術方案的壹個或多個例子，很多論文的主體部分就相當於壹個實施例。
發明專利申請書的第四部分為發明的技術效果，這部分和論文的結論部分類似。不同之處在於說明發明的技術效果壹兩句話就行了，也不需要基於嚴格的邏輯推理。而論文的結論部分則是基於對實驗數據的分析和推理，可靠性高。
發明專利由專利審查人審查，重點判斷發明的技術方案和現有文獻有無重復之處。科研論文由同行審稿，重點判斷實驗數據是否可靠，結論是否準確。由於專利審查員壹般不是同行，發明的技術效果無法通過專利審查保證。發明專利從申請到授權的周期壹般為2年，科研論文的發表周期壹般在壹年之內。