《專列壹號》的大結局是：186次列車安全返航，開往北京。
解放軍攻進了地下巢穴，但沒有抓住教主，蓋振海也沒有看見海倫。喬長軍把全體俘虜集中到大廳，喝令教主現身。突然，壹面石墻轟隆隆打開，壹個穿著教主服裝的人出來，卻是海倫。蓋振海無法相信這壹切，他和海倫緊緊擁抱在壹起。
藏在俘虜堆裏的阿根突然拉動壹個開關，高喊說自己就是教主，這裏有壹千公斤炸藥就要爆炸，大家會同歸於盡。這時海倫說出了導火線的位置，蓋振海撲了過去，導火線被阻斷了。教主勢力被清除了，喬長軍凱旋，陳法音和林亞夫、顧可依等抓住了崔洪斌，內部的最後壹個毒瘤也清除了。
喬長軍的血液裏含有天然的抗體，可以用來對付病毒。敵人在海倫的身體裏註射了病毒，海倫被送進了醫院，蓋振海壹直在陪伴她。喬長軍也在醫院，他在昏迷的韓冰病床前祈禱她盡快醒來，絕不再分開。186次列車安全返航，開往北京。
《專列壹號》劇集評價
該劇題材新穎，劇中人物的設置也顯得別有新意。作為壹部諜戰年代戲，《專列壹號》罕有地將故事背景放在了建國後，間諜與反間諜、潛伏與反潛伏、策反與反策反，《專列壹號》用緊張刺激的劇情，難度超高的題材，以及無數個鮮活的人物形象引爆諜戰戲的又壹個亮點。
與以往的諜戰、反特題材不同，《專列壹號》以緊張的潛伏偵查、無間道臥底、紮實的槍戰場面取勝。該劇的壹大亮點，是將故事場景安排在我國重要的邊境城市滿洲裏，滿洲裏是中俄兩國的門戶，劇組在數九寒冬中完成全劇的外景拍攝。