1，超級雜草問題
如果轉基因高產作物通過花粉導入的方式將高產基因傳遞給周圍的雜草，將導致超級雜草的出現，對天然林造成遺傳汙染，並給這些地區的其他物種帶來不可預知的後果。
它還會導致濫用除草劑，造成土壤板結、土壤退化和環境汙染。隨著轉基因抗除草劑作物的推廣，除草劑的用量可能會增加，這可能會導致食品中除草劑殘留的增加。
2.不育基因的問題
如果轉基因不育品種的不育基因在種植區廣泛傳播，將導致當地農業的崩潰。DPL和美國農業部共同申請了“終止子技術”專利，並於3月1998獲得美國專利局批準。該專利技術可以使作物種植後獲得的種子不育。雖然收獲了種子，但不能作為種子保存。“終端子技術”的獲得引起了巨大的國際反響。
許多國家認為，由於“終止子技術”生產的種子在外觀上難以區分，壹旦種植，可能會因出售或交換無法發芽的種子而對生產造成不可挽回的損失。花粉的非人工傳播會造成大量不育基因在種植區傳播，從而導致當地農業的崩潰。為了維護世界糧食安全體系，許多國家和組織都要求禁止終止子技術。
3.毒蛋白基因問題
如果毒蛋白基因能在植物的花蜜中表達，可能會引起蜜蜂等傳粉者和植物群落的崩潰，甚至可能危及其他動物、人和動物的生存環境和健康。
4、產生藥用問題
如果把用作食品原料的植物轉基因成藥用植物，異花授粉會使食用植物具有藥用價值，從而汙染人類的食物。另外，如果轉基因抗蟲作物產生的農藥殺死了害蟲(包括壹些益蟲)，必然會破壞自然界固有的食物鏈，對生態系統產生不利影響。而且，這些對昆蟲有害的物質也可能對人類有害。
5.潛在毒性
轉基因食品可以產生毒素殺死目標生物，從而提高產量。但這些毒素隨轉基因食品進入人體後會產生什麽影響，尚未得到證實。雖然在今天的實驗中還沒有轉基因食品的毒素對人體健康有害的例子，但是長期的、累積的危害很可能導致風險。
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