根據《營業稅暫行條例》和《營業稅稅目註釋》，轉讓無形資產所有權或者使用權的單位和個人應繳納的營業稅，按照營業額和規定的稅率計算，計算公式為:應納稅額=營業額×稅率，轉讓無形資產的營業稅稅率為5%。由於無形資產的會計處理方式不同，無形資產應交營業稅的會計處理也相應不同。
(壹)轉讓無形資產應繳納營業稅的會計處理。
無形資產使用權的轉讓只是將部分使用權轉讓給其他單位或個人，轉讓方仍保留對該無形資產的所有權，因而仍享有使用、收益和處分的權利。受讓方只能取得無形資產的使用權，並在合同規定的範圍內合理使用，無權轉讓。在轉讓無形資產使用權的情況下，由於轉讓企業仍擁有無形資產的所有權，因此不核銷無形資產的賬面價值，轉讓取得的收入計入其他業務收入，與轉讓有關的各項費用計入其他業務費用。轉讓無形資產使用權應繳納的營業稅屬於與轉讓相關的支出，故計入其他業務費用。
例如，A公司與H公司於2002年底達成協議，A公司於2003年允許H公司使用其商標中的壹個商標，H公司於2003年每月初向A公司支付商標使用費5萬元。甲公司的相關會計處理如下:
每月初收取商標使用費時:
借方:銀行5萬元。
貸款:其他業務收入5萬元
同時計算應繳納的營業稅(50，000× 5%)並做如下賬務處理:
借:其他業務支出2500。
貸:應交稅費-營業稅2500。
(2)出售無形資產應納營業稅的會計處理
出售無形資產是無形資產所有權轉移的主要形式，出售方不再保留無形資產的所有權，因而不再擁有對無形資產的使用權、收益權和處分權。在出售無形資產的情況下，由於出售企業不再擁有該無形資產的所有權，應註銷已出售無形資產的賬面價值(即無形資產的賬面余額和相應的減值準備)，將出售無形資產的實際轉讓收入與該無形資產賬面價值的差額計入營業外收入或營業外支出。出售無形資產應繳納的營業稅，作為相應營業外收入的減少或營業外支出的增加。
如B公司2003年7月18日出售壹項專利權，收入30萬元，應繳納營業稅15萬元。該專利權賬面余額為23萬元。計提減值準備65，438+00，000元，故B公司相關會計處理如下:
借方:銀行30萬。
無形資產減值準備10 000
貸款:無形資產23萬。
營業外收入65，000
應交稅費-營業稅15 000。
(3)用無形資產抵減債務時應納營業稅的會計處理。
以無形資產清償債務是企業債務重組的壹種方式。這裏轉讓的是無形資產的所有權，應該註銷無形資產的賬面價值用於抵償債務。根據債務重組的相關會計處理方法，債務人以非現金資產清償債務時，按照所清償債務的賬面價值結轉債務，應付債務的賬面價值小於用於清償債務的非現金資產的賬面價值與支付的相關稅費的差額，直接計入當期營業外支出；應付債務的賬面價值大於用於清償債務的非現金資產的賬面價值與支付的相關稅費的差額，計入資本公積。
比如C公司欠K 50萬元貨款，因資金周轉困難短時間內無法支付貨款。經協商，於2003年8月15日達成協議，K企業同意C公司立即以壹項專利權清償債務。該專利權賬面余額為42.5萬元，未計提減值準備。本次專利權轉讓應繳納的營業稅為25000元(即500000×5%)，故C公司相關會計處理如下:
借方:應付賬款500，000。
貸款:無形資產425 000
應交稅費-營業稅25 000。
資本公積50000
(4)無形資產換為非貨幣性資產時應繳納營業稅的會計處理。
將無形資產轉換為非貨幣性資產屬於非貨幣性交易。這裏轉讓的是無形資產的所有權，應註銷交換的無形資產的賬面價值。根據非貨幣性交易的相關會計處理方法，在不涉及溢價的情況下，企業應以換出資產的賬面價值加上應支付的相關稅費作為換出資產的入賬價值。涉及溢價的，支付溢價的企業以換出資產的賬面價值加溢價和應繳納的相關稅費作為換出資產的賬面價值，接受溢價的企業以換出資產的賬面價值減去溢價和應確認的收入及應繳納的相關稅費作為換出資產的賬面價值。
比如D公司用自己的壹項專利換了M企業的壹臺設備(不需要安裝)。D公司專利權賬面余額45萬元，減值準備10萬元，公允價值40萬元。該設備在M企業的賬面原價為50萬元，折舊10萬元，公允價值40萬元。D公司換入的設備作為固定資產歸個人使用。這裏的專利權和設備交換交易不涉及貨幣性資產或溢價，因此屬於非貨幣性交易。D公司就交換的專利權應繳納營業稅2萬元(即40萬× 5%)，該設備按賬面價值35萬元入賬(即45萬-10萬元)加上應繳納的營業稅2萬元。那麽D公司的相關會計處理如下
借方:固定資產370 000
無形資產減值準備100 000
貸款:無形資產45萬。
應交稅費-營業稅20 000。