發明申請公開後，專利局收到申請人的實質審查請求後，開始實質審查。審查員發出審查意見通知書，對發明申請的新穎性、創造性和實用性進行評價，並指出申請文件中的實質性缺陷。申請人應當對審查意見進行回復，必要時對申請文件進行修改。
申請發明專利的，申請文件應當包括對發明專利請求的說明，必要時還應當有附圖、權利要求書摘要和附圖，各壹式兩份。說明書應包括序列表，序列表應作為說明書的壹個單獨部分提交。同時提交按照國家知識產權局規定記錄了序列表的光盤或軟盤。申請實用新型專利，申請文件應當包括:實用新型專利的請求書、說明書、說明書附圖、權利要求書、摘要和附圖，各壹式兩份。申請外觀設計專利的，申請文件應當包括:外觀設計專利請求書、圖片或者照片壹式兩份。需要顏色保護的，還應當提交彩色圖片或者照片壹式兩份。提交圖片所有視圖應為圖片，提交照片所有視圖應為照片。圖片或照片不能混在壹起。
法律依據
中華人民共和國專利法
第二十六條申請人申請發明或者實用新型專利的，應當提交請求書、說明書及其摘要、權利要求書等文件。
請求書應當寫明發明或者實用新型的名稱、發明人的姓名、申請人的姓名和地址以及其他事項。
說明書應當對發明或者實用新型作出清楚、完整的描述，以所屬技術領域的技術人員實現為準；必要時應附附圖。應當簡要說明發明或者實用新型的技術要點。
權利要求書應當以說明書為依據，清楚、簡要地限定專利保護的範圍。
對於依賴遺傳資源的發明創造，申請人應當在專利申請文件中說明遺傳資源的直接來源和原始來源；申請人不能說明原始來源的，應當說明理由。