1.資金來源:縱向項目的資金通常來自政府、科研機構或行業協會，橫向項目的資金通常由企業、社會組織或個人提供。這就導致了兩個項目財務穩定性的差異。
2.研究性質和目標:垂直項目更註重研究的理論意義和學術價值，旨在促進學科的發展和知識的積累。橫向項目更註重研究的實用性和應用價值，旨在解決實際問題或開發技術應用。因此，縱向項目通常需要有較高的理論深度和學術價值，橫向項目則需要考慮更多的實際需求和應用效果。
3.項目難度和風險:垂直項目通常難度較大，需要承擔壹定的風險和不確定性，因為這類項目通常需要開創性的研究來解決壹些前沿的科學問題。相比之下，橫向項目難度相對較小，但也需要根據實際需要靈活調整變化，所以也需要有壹定的適應性。
4.成果形式:縱向項目的成果通常以論文和專利的形式呈現，橫向項目的成果可能以產品、技術和解決方案的形式呈現。這也意味著兩個項目在成果的應用和轉化上存在差異。
垂直項目和水平項目的相似之處:
1，都是為了促進科研的發展:無論是縱向項目還是橫向項目，都是為了促進科研的發展，為科研人員提供經費和支持，促進科學知識的增長和創新。無論是解決基礎科學問題，還是滿足實際應用需求，這兩類項目都是科研體系中不可或缺的組成部分。
2.兩者都需要項目管理:縱向項目和橫向項目都需要項目管理。這意味著需要對項目的進度、預算、人員和風險進行有效的管理和協調，以確保項目能夠按時保質完成。項目管理是壹門重要的學科，對項目的成功實施至關重要。
3.縱向和橫向項目都可能面臨挑戰和風險，比如技術問題、人員問題、資金不足、市場變化等。項目管理團隊需要具備應對這些挑戰和風險的能力和經驗，以保證項目的順利進行。
4.兩個項目都可能產生社會效益:縱向和橫向項目都可能產生廣泛的社會效益。比如，垂直項目對於提高人類知識、推動科技發展具有重要意義；橫向項目可能直接促進經濟發展，推動社會進步，改善人民生活。