實現土壤生態平衡可以抑制土傳病害的發生。我們需要掌握兩個方面:壹是增加土壤中的有機質，施用農家肥、工廠生產的有機肥、稭稈還田以及種植草木樨等綠肥作物；二是通過施用菌肥增加有益微生物的種類和數量。菌肥中含有大量的微生物，可以改善作物的營養條件，分解土壤中的有機質，使之轉化為植物可以吸收的養分。註意，只有有機物和有益微生物同時存在，才能達到育肥防病的效果。
目前已有多種多效有機肥，其有益微生物以適當的比例植入大量有機物中。如金滿天生物肥包括固氮菌、巨大芽孢桿菌、膠質芽孢桿菌、光合細菌、乳酸菌等150個菌種。固氮菌通過固氮作用將分子氮轉化為氨氮，並進壹步合成有機氮供作物施用；解磷細菌能將土壤中的有機磷和不溶性無機磷轉化為可溶性無機磷。比如解磷微生物可以通過磷酸酶分解有機磷，解磷微生物可以溶解主要由磷酸三鈣組成的磷酸鹽。壹些研究結果表明，作物可以接受磷。解鉀細菌可以分解矽酸鹽礦物，如長石和雲母，產生可供作物生長的鉀。三種微生物制劑能為作物提供全面的氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫、硼、鋅、錳、鉬等微量元素。