基改黃豆對環境、健康、農民、農業的爭議？
其中，基改作物最令人擔心的就是，許多作物本身含有殺蟲毒素，也累積很多除草劑，而這些非自然產生的作物，到底對地球環境生態會產生何種影響？對人體健康的顧慮？甚至對臺灣本土農業的質疑，都紛紛被提出來探討。
（壹）破壞環境生態平衡
抗除草劑基因的黃豆，由於大量施用除草劑，導致水源及土壤的汙染，臺大農藝學系教授郭華仁教授提到，基改黃豆在消滅害蟲的同時，其實也正在殺害有益的生物，造成生物多樣性減少，比如美國孟山都就曾經出現農場的蜜蜂吃了基改玉米的花粉大量死亡的現象，甚至誘發害蟲的抗藥性，導致害蟲突變，讓害蟲變成殺不死的「超級害蟲」，威脅到其他作物，於是農民反而使用更多的殺蟲劑，而造成更大的汙染。
（二）危害人體健康
國際間仍然缺乏長期食用對人體健康的影響，包括：是否導致人體原本的吸收功能變化、荷爾蒙正常的分泌、致基因突變、改變人體的代謝途徑、致過敏等，這些研究仍尚未清楚。郭華仁教授與重心長的說：「人類食用基改食品的風險並沒有認真地研究過，不過已有很多的動物試驗結果指出是有問題的。」
導致過敏：郭華仁教授說，美國早在1989年曾經出現過為了增加黃豆的營養品質，沒想到卻造成食用者的過敏反應，此外，很多有間接證據也顯示，西方國家在1996至2000年間過敏人口增加，雖然無法被明確證實是基改食品導致，但美國過敏人口越來越多，已被研究者推估可能與基改食品有關。
毒素殘留：郭華仁教授質疑：「到底基改作物的毒素會不會殘留在人體中？」當人體將基改作物裏的除草劑、殺蟲劑、抗生素等吃下肚時，毒素也許會累積於人體中，久而久之，會不會造成人體的免疫力下降？對抗生素的抗藥性？這些問題，都將對人類健康造成重大的威脅。
致癌及致畸胎：2012年九月，法國學者Seralini的研究報告指出，將基改及非基改作物，搭配使用或不使用除草劑，四種方式餵食小老鼠，結果壹年後老鼠罹癌率大增。甚至，報導也指出，阿根廷在1990年代開始種植基因改造大豆，並用「年年春」除草，後來有研究報告指出，住在種植地區附近的婦女容易致畸胎和流產。
（三）種子專利讓許多農民成為邊緣人
基改種子跟非基改種子最大的不同就是，非基改種子可以壹種再種，而基改種子每種壹輪，就必須要再重新再向種子公司買種子。「這是跨國公司為了確保自己的權益，而將種子植入不能壹種再種的遺傳基因。」臺北醫學大學保健營養系教授陳世爵教授說，基改種子受到專利保護（種子專利），農民只要留種自用就違法。此外，因為基改種子不能壹種再種，到最後農民仍需再掏腰包，向跨國公司購買基改種子，郭華仁教授說，因農民無力購買種子，導致數以萬計的農民變成邊緣人，甚至走向自殺壹途。
（四）基改基因汙染非基改作物
郭華仁教授說，經由花粉散布可能將基改基因，轉移至同種之非基改作物，而影響農作物的純度及價值，影響日後該地區農產品外銷，雖然臺灣尚未開放種植基改作物，但難保農民自行偷種基改種子，臺灣實在不可忽視這類基因汙染之可能影響及沖擊。
（五）對素食主義者的混淆
陳世爵教授說，因為基改科技可將不同物種間的遺傳基因進行重新組合，不管動物、植物、細菌等基因，皆可植入遺傳密碼中，雖然作物外觀不會改變，但實質上卻吃下含動物基因的植物，卻毫不知情，無疑對素食主義者極不公平。
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