針對軟件創新，首選的可以采用軟件著作權的方式進行保護。但是，由於軟件著作權只能保護軟件作品的特定表現形式，不能保護軟件背後的創新設計構思，而可實現同壹功能的軟件卻可以通過多種多樣的編程軟件而以不同的表現方式來實現，因此通過軟件著作權所能獲得的知識產權保護，其範圍是極其有限的。 有鑒於此，人們開始嘗試利用專利體系來對軟件背後的設計構思進行有效保護，並且近幾年來，已經出現了數十萬件與此相關的專利申請和授權專利。然而，當權利人信心滿滿地想利用其已獲得的專利權制止他人專利侵權時，卻發現其不得不面對壹個非常尷尬的局面。 首先，如果權利人獲得的軟件相關專利，其權利要求保護的是壹種流程方法，只要該方法解決的是技術問題，並能產生有益技術效果，該專利固然是可以獲得授權。但是，根據專利法第11條的規定，對於方法專利，其只能禁止他人未經授權使用該專利方法、或者未經授權而使用、許諾銷售、銷售、進口依照該專利方法直接獲得的產品。 因此在實踐中就會出現這樣的問題。例如，如果壹項專利的權利要求保護了壹種利用軟件實現的照相機的拍照防抖方法，則使用該專利方法的是大眾消費者，而不是將該方法應用到照相機產品中的生產廠商。顯然，禁止大眾消費對其合法購買到的應用有專利方法的照相機產品進行使用是不切實際的。另壹方面，如果起訴生產廠商生成制造含有專利方法的產品的侵權行為，則又在法律依據方面存在重大缺陷，即，該照相機產品顯然不是依照專利方法直接獲得的產品，而僅僅是在其中加載了采用專利方法的程序。 因此，針對未對現有產品硬件結構做出改動、而僅通過在其中增加軟件以實現新功能由此獲得的方法專利而言，其在實際情況中可以說是幾乎得不到有效的專利保護的。 雖然國家知識產權局考慮到上述情況，並且在審查指南中前瞻性地專門規定出了壹種特定的撰寫方式，即，將所要保護的方法中的每個步驟采用“虛模模塊”的方式撰寫在權利要求中，從而將實質上的方法專利從表面上“變換”為產品專利，以解決方法專利所面臨的上述困境。但是，由於這種“虛擬模塊”究竟指向何物（軟件本身？含義軟件的固化硬件？......）是非常不明確的，其在確定專利的保護範圍時會導致裁判者的迷茫不清。事實上，國家知識產權局自身對這種“虛擬模塊”的含義並沒有能夠給出明確的說明。在司法實踐中，截止到目前也沒有壹個司法審判案例對這種“虛擬模塊”的內涵給出明確的司法解釋。 綜上，對於在基本不需要對現有硬件進行任何改變的情況下完全通過軟件實現的大量技術創新而言，其如何獲得有效的知識產權保護已經成為了壹項日益重要的問題。而且，對於業已獲得授權的數十萬相關專利而言，也正面臨著因無法獲得有效專利保護而變成“壹紙空文”的尷尬境地。
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